زلفیگل در حالی در دولت سیزدهم به عنوان وزیر علوم معرفی شد که آموزش عالی با مشکلاتی همچون فقدان ارتباط موثر بین تولید علم با ثروت، کمبود بودجه و تخصیص نیافتن اعتبارات و جای خالی معاونت متولی امور پارکهای علم و فناوری روبهرو بود؛ موضوعاتی که در جلسات متعدد با رئیس جمهور بررسی و به نتایج قابل توجهی دست یافت.