حمایت از شرکت های دانش بنیان یکی از برنامه های اصلی بانک کارآفرین در سالهای اخیر بوده و در این راستا نیز تفاهم نامه های متعددی با دانشگاه ها و شرکت های دانش بنیان امضا کرده است؛ به گونهای که رییس صندوق نوآوری و شکوفایی، بانک کارآفرین را بانک پیشرو در حمایت و تامین مالی شرکتهای دانش بنیان نامیده است.